JupyterHub​/devel

Jupyter

Key Word

• repo2docker
   

Docker Images

jupyterhub/singleuser

• https://hub.docker.com/r/jupyterhub/sing​leuser/
   

jupyter/datascience-notebook

• https://hub.docker.com/r/jupyter/datasci​ence-notebook/
   

jupyter/tensorflow-notebook

• https://hub.docker.com/r/jupyter/tensorf​low-notebook/
   

rattydave/jupyterhub

• C++, Java, Python, Tensorflow, Julia, SQL, NodeJS, Bash and more
• https://hub.docker.com/r/rattydave/jupyt​erhub
• 重い（10G）．非力マシンではタイムアウト（30s）する．
• これは notebook イメージじゃなくで，jupyterhub だった！
   

jupyter/base-notebook

• 最も基本的な lab用コンテナ
   

イメージの作成

ベースになるイメージに以下の物が含まれていない可能性がある．

• start-notebook.sh
  • start.sh （言わずもがな）
• anaconda
  • conda
  • jupyterhub-singleuser
  • juoyterlab （言わずもがな2）
• sudo
   

lab へのアクセスで　404 Not Found になる．tree (notebook) へのアクセスは可

• vhtec
  • /opt/conda/etc/jupyter/jupyter_notebook_​config.json をチェックする．(jupyterlab: false になっていたら true に変える)
    • jupyter serverextension enable --py jupyterlab --sys-prefix でもOK．上記ファイルは {} となる．
  • ファイルを削除（trachへリネーム）しようとすると，OSError: [Errno 18] Invalid cross-device link: のエラーが出る.
    • /opt/conda/lib/python3.6/site-packages/s​end2trash/plat_other.py", line 117 で os.remove() する．
    • shutil.move(src, op.join(filespath, destname)) の方が自然．要 import shutil
       

nbgrader

• https://github.com/LibreTexts/nbgrader-t​o-jupyterlab/tree/lab-common
• lab ではまだ動かん (2021 8/23)
   

コンテナ起動

手動起動

• docker run -dit --init --name コンテナ名 イメージ名

コンテナにログイン

• docker exec -it コンテナ名 /bin/bash
   

プロセスの起動順

1. /opt/conda/bin/tini
2. /usr/local/bin/start-notebook.sh
   1. /usr/local/bin/start-singleuser.sh
3. /usr/local/bin/start.sh

kernel

• Example
  • install_c_kernel
  • jupyter kernelspec list
  • jupyter kernelspec uninstall cling-cpp17
     

docker commit すると，起動時のオプション（arguments）まで保存する．

何故かイメージを変更して commit すると引数が２重になる？ （非常に重要な問題）

• docker logs のでエラーメッセージ
  • [C 2021-07-11 13:52:21.786 SingleUserNotebookApp application:89] Bad config encountered during initialization: Error loading argument SingleUserNotebookApp.ip=['0.0.0.0', '0.0.0.0'], ip only accepts one value, got 2: ['0.0.0.0', '0.0.0.0']
• /usr/local/anaconda/envs/jupyterhub/lib/​python3.8/site-packages/dockerspawner/do​ckerspawner.py L804
  • get_command() の cmd + self.get_args() で cmd に既に引数が入っている？
• 最新版 (Project用) jupyterhub_config.py 内で対症療法中

• 上記の Dockerfile を使って作成すれば問題無し
   

解決編

• 次回起動すると，オプションが ２重になる．なんてこったい！ docker build では大丈夫（そもそも起動していない）
• 起動時のオプションは，イメージ（/var/lib/docker/image/overlay2/imagedb/.​...）に Cmd[ ] に値として保存されている．
• イメージファイルはテキスト（!?）なので，Cmd[ ] に何が書いてあるかわかる．
  • "Cmd":["start-notebook.sh","--ip=0.0.0.0​","--port=8888","--notebook-dir=/home/te​acher/iseki/jupyter","--SingleUserNotebo​okApp.default_url=/lab"]
    • しっかりコマンドが入っている．
  • 流石に直接編集するのは躊躇われる．（一回やってみる？）
    • エディタで直接編集したら，Docker から見えなくなった．まあ予想通り．

• ちゃんと動くやつの Cmd[ ] を確認して，docker commit 起動時に -C オプションで変更可!
  • jupyter の場合： docker commit -c 'CMD ["start-notebook.sh"]' jupyter_old jupyter_new
    • /etc/passwd と /etc/group も元に戻しておく