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28: 2021-08-01 (日) 11:41:01 iseki ソース 現: 2023-12-04 (月) 11:30:44 iseki ソース
Line 10: Line 10:
- see also: ''[[Jupyter]]'' - see also: ''[[Jupyter]]''
- see also: [[Docker]], [[Podman]] - see also: [[Docker]], [[Podman]]
-- see also: [[Kubernetes]]+- see also: [[Kubernetes]], [[PodmanSpawner]] 
 +- see also: [[configurable-http-proxy]]
- [[DockerSpawner>./DockerSpawner]] - [[DockerSpawner>./DockerSpawner]]
-- [[MDLDockerSpawner>./MDLDockerSpawner]]+- [[LTIDockerSpawner>./LTIDockerSpawner]] 
 +- [[LTIPodmanSpawner>./LTIPodmanSpawner]] ​
 + 
 +- [[Moodle+JupyterHub]] 
 +- [[開発>./devel]] 
 +- [[API>./API]]
#br #br
** INSTALL [#nfb5f43c] ** INSTALL [#nfb5f43c]
 +*** Rocky Linux 8 [#g6e6c1d1]
 +- [[Detail Log>./RockyLinux8_install]]
 +#br
 +
 +*** pip [#ecfe7cfb]
 +#br
 +*** conda [#n0e2837f]
 +- conda update -c conda-forge jupyterhub -y
 +#br
 +
 +*** for CentOS 8.5 with pip [#l08667b3]
 + # yum install python3
 + # pip3 install --upgrade pip
 + # yum install npm
 + # npm install -g configurable-http-proxy
 + # pip install setuptools_rust
 + # pip install jupyterhub
 + # pip install dockerspawner
 + # pip install --upgrade notebook
 + # pip install --upgrade jupyterlab
 + # jupyterhub --version
 + # jupyter --version
 + # jupyter notebook --version
 + # jupyter lab --version
 +#br
 +
 +*** 2.0.0 with conda [#e269f8c5]
 +
 +**** Change Log [#qacdfa95]
 +- https://jupyterhub.readthedocs.io/en/sta​ble/changelog.html
 +#br
 +**** Install [#j385e508]
 + (base) # conda install -c conda-forge conda==4.11.0 -y
 + (base) # conda activate jupyterhub
 + (jupyterhub) # conda update -c conda-forge jupyterhub -y
 +
 + (jupyterhub) # jupyterhub --upgrade-db
 + (jupyterhub) # jupyterhub -f .....
 +#br
 +
 +**** podmanspawner.PodmanSpawner [#nefeece2]
 +- おおっ class のサンプルに Podman がある！
 +-- と思ったら niklas netter 氏の [[podmanspawner>https://github.com/gaton​iel/podmanspawner]] じゃん
 +#br
 +
 +**** websocket モジュールが無いとのことで起動しなくなった． [#x698e062]
 + ModuleNotFoundError: No module named 'websocket'
 +- conda 環境で websocket をインストール
 +
 + # conda install -c conda-forge websocket-client
 +
 +- pip なら　pip install websockets　
 +#br
 +
 +**** データベースのスキーマが合わないとのことで，起動しなくなった． [#o77e88b0]
 +- jupyterhub upgrade-db してもだめなので，/var/lib/jupyterhub 以下を削除
 +#br
 +
 +*** 1.4.2 [#i2818e12]
 +
**** conda を使用 [#z4c989ab] **** conda を使用 [#z4c989ab]
 (base) # conda create -n jupyterhub python=3.8 -y  (base) # conda create -n jupyterhub python=3.8 -y
Line 25: Line 91:
 (jupyterhub) # conda install -c conda-forge voila -y  (jupyterhub) # conda install -c conda-forge voila -y
 (jupyterhub) # conda install jupyter_client -y  (jupyterhub) # conda install jupyter_client -y
 + 
 (jupyterhub) # git clone https://github.com/jupyterhub/nativeauth​enticator.git  (jupyterhub) # git clone https://github.com/jupyterhub/nativeauth​enticator.git
 (jupyterhub) # pip install -e nativeauthenticator  (認証モジュール：オプション)  (jupyterhub) # pip install -e nativeauthenticator  (認証モジュール：オプション)
Line 31: Line 97:
- ディレクトリのパーミッションの設定を忘れずに！ - ディレクトリのパーミッションの設定を忘れずに！
 +#br
 +**** pip を使用する． [#d08d0c8f]
 +- nodejs: CentOS7 の場合は nodejs はバージョンが古くて，configurable-http-proxy でエラーが出るので，nodejs をバージョンアップする．
 + curl -sL https://rpm.nodesource.com/setup_14.x | bash -
 + yum remove nodejs npm -y
 + yum install nodejs -y
 + node -v
 +--  nodejs のバージョンがアップしない場合は，/var/tmp/yum-root-* を消す
 +-- https://rpm.nodesource.com/setup_##.x は非推奨となった．(2023/12/4)
 +--- see https://github.com/nodesource/distributi​ons
 +
 + npm install -g configurable-http-proxy
 + python3 -m pip install jupyterhub
 + python3 -m pip install dockerspawner
 + python3 -m pip install --upgrade notebook
 + python3 -m pip install --upgrade jupyterlab
#br #br
Line 44: Line 126:
- (jupyterhub) # jupyterhub --version - (jupyterhub) # jupyterhub --version
#br #br
 +
 +*** [[LTI Authenticator>LTI]] [#g284e3bf]
 +- Moodle と連携する為の 認証モジュール（Moodleの外部サービスを使用）
 +- 先に authlib を入れておく．
 +-- conda install oauthlib  or pip  install oauthlib
 +
 +- v1.2.0 release (2021 9/2)
 +-- https://pypi.org/project/jupyterhub-ltia​uthenticator/1.2.0/
 +-- Moodle に対して Patch 不要
 +
 + (jupyterhub)# pip install --upgrade jupyterhub-ltiauthenticator
** 設定 [#idb49705] ** 設定 [#idb49705]
Line 112: Line 205:
 136  136
-**** LTIモジュール [#m4467ad6] +**** [[LTI]] モジュール [#m4467ad6]
-***** Learning Tools Interoperability [#lde959fa] +
-- https://github.com/jupyterhub/ltiauthent​icator+
-- 既にインストールされている ltiauthenticator だと Moodle にログインできない. 
--- "Moodleと Jupyter Notebookの 連携 によるプログラミング 教育環境 の 構築" 石坂徹，桑田喜隆, et. al., Moodle Moot Japan 2019 Proceedings (2019), pp.32-37 
---- /usr/local/anaconda/envs/jupyterhub/lib/​python3.8/site-packages/ltiauthenticator​/__init__.py 
- 152            # Before we return lti_user_id, check to see if a canvas_custom_user_id was sent. 
- 153            # If so, this indicates two things: 
- 154            # 1. The request was sent from Canvas, not edX 
- 155            # 2. The request was sent from a Canvas course not running in anonymous mode 
- 156            # If this is the case we want to use the canvas ID to allow grade returns through the Canvas API 
- 157            # If Canvas is running in anonymous mode, we\'ll still want the \'user_id\' (which is the `lti_user_id``) 
- 158 
- 159            canvas_id = handler.get_body_argument('custom_canvas​_user_id', default=None) 
- 160 +          product_code = handler.get_body_argument('tool_consumer​_info_product_family_code', default=None) 
- 161 
- 162            if canvas_id is not None: 
- 163                user_id = handler.get_body_argument('custom_canvas​_user_id') 
- 164 +          elif 'moodle' in product_code: 
- 165 +                user_id = handler.get_body_argument('ext_user_user​name') 
- 166            else: 
- 167                user_id = handler.get_body_argument('user_id') 
- 168 
- 
-***** jupyterhub_config.py [#c6db4f7a] 
- c.JupyterHub.authenticator_class = 'ltiauthenticator.LTIAuthenticator' 
- c.LTIAuthenticator.consumers = { 
-     os.environ['LTI_CLIENT_KEY']: os.environ['LTI_CLIENT_SECRET'] 
- } 
--- キーは二つとも openssl rand -hex 32 で生成． 
-#br 
-***** Moodle 側 [#sd9e4f7f] 
-- 「サイト管理」=> 「プラグイン」=> 「外部ツール：ツールを管理する」（=>「ツールを手動設定する」） 
-- [[Hack>Moodle/Moodle-LTI]] 
-#br 
- 
-***** error : module 'oauthlib.oauth1.rfc5849.signature' has no attribute 'signature_base_string' [#l6c7a130] 
-- ライブラリが足りない 
-- conda install oauthlib 
-#br 
- 
-***** 欠点：利点？ [#w4038708] 
--- %%一度 Moodle 経由でログインすると，ブラウザがアカウントを覚えているらしく，次回からは Moodle 経由で無くともログイン可能．%%　ログアウトすればOK 
--- その他の一般ユーザ認証と併用できない． 
#br #br
Line 219: Line 269:
- DockerSpawner を使用すると，作業ディレクトリが /home/jovyan/work 固定なのだが？ - DockerSpawner を使用すると，作業ディレクトリが /home/jovyan/work 固定なのだが？
- c.DockerSpawner.notebook_dir 辺りをいじっても変化しない？ - c.DockerSpawner.notebook_dir 辺りをいじっても変化しない？
-- 皆考えることは一緒：https://github.com/jupyter/docker-stacks/issu​es/358+- https://github.com/jupyter/docker-stacks/issu​es/358
#br #br
** 実行 [#a826d7f6] ** 実行 [#a826d7f6]
 +**** 前準備 [#xa875240]
 + # cd /etc/pki/tls
 + # openssl req -new -newkey rsa:2048 -days 3650 -nodes -keyout private/key.pem -out server.csr
 + # openssl x509 -in server.csr -days 3650 -req -signkey private/key.pem -out certs/server.pem
 + # vi  /usr/local/etc/jupyterhub/jupyterhub_con​fig.py
 + 
 + # mkdir /var/lib/jupyterhub
 +
 +**** 実行 [#k5a94b0c]
 (base) # conda activate jupyterhub  (base) # conda activate jupyterhub
 (jupyterhub) # jupyterhub -f /usr/local/etc/jupyterhub/jupyterhub_con​fig.py  (jupyterhub) # jupyterhub -f /usr/local/etc/jupyterhub/jupyterhub_con​fig.py
Line 269: Line 328:
- pool_recycle の設定を忘れずに！ - pool_recycle の設定を忘れずに！
- charset は urf8mb4 - charset は urf8mb4
 +#br
 +** NVIDIA [#o78e60f8]
 +
 +*** Driver [#n52aa03b]
 +**** nouveau ドライバ（デフォルトのグラフィックドライバ）を止める [#j9e3e782]
 +- lsmod | grep nouveau  でドライバ確認
 +- /etc/default/grab のオプションに rd.driver.blacklist=nouveau を追加
 +- カーネル設定ファイルの作り直し
 +-- grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg  (RedHat系)
 +-- grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg  (Debian系)
 +#br
 +**** Driver [#r1aed2e1]
 +- nvidia-driver, cuda をインストール
 +#br
 +
 +**** Docker [#t87b07eb]
 +- nvidia-container-toolkit が必要
 +-- コンテナ内からホストのGPUを使う
 +-- %%nvidia-smi などのコマンドがインストールされる．%%
 +#br
 +
 +*** Tool Kit [#z51a5c81]
 +- CUDA Toolkit : https://developer.nvidia.com/cuda-toolki​t-archive
 +- Tool Kit をインストールするとドライバもインストールされる？　（未確認）
 +#br
 +
 +*** Docker [#xa8f93e3]
 +- docker run --gpus all nvidia/cuda:12.2.0-devel-ubuntu20.04 nvidia-smi
 +-- Failed to initialize NVML: Unknown Error
 +-- ホストの /etc/nvidia-container-runtime/config.tom​l を編集して，no-cgroups = false にする．
#br #br
** Trouble Shooting [#rf83821d] ** Trouble Shooting [#rf83821d]
 +*** ltiauthenticator [#s373921d]
 +- https://pypi.org/project/jupyterhub-ltia​uthenticator/
 +#br
 +**** Jupyterhub 4.0.0 [#b81f6caf]
 +- 403 : Forbidden  '_xsrf' argument missing from POST  のエラー
 +-- JupyterHub で XSRFのチェックを強化したらしい
 +
 +- /usr/local/lib/python3.9/site-packages/j​upyterhub/handlers/base.py
 +-- def check_xsrf_cookie(self)
 +--- super().check_xsrf_cookie() で例外発生
 +--- 親は tornado のRequestHandlerか？
 +- 2023 5/29 時点でこのバグは修正されている．
 +#br
 +
 +*** JupyterLab [#m9f4d2fd]
 +**** JupyterHub をバージョンアップしたら Jupyter Labが起動しなくなった． [#f644f8af]
 +- 起動する JupyterHub（ex. 2.0.1）とイメージ内のJupyterHub（ex. 1.4.1）が違うとデフォルトで Jupyter Labが起動しなくなるようだ．
 +#br
*** 日本語のBUG [#ece06e7b] *** 日本語のBUG [#ece06e7b]
Line 295: Line 402:
*** homeディレクトの名前を変えたら，ログインできなくなった [#yf5e6b43] *** homeディレクトの名前を変えたら，ログインできなくなった [#yf5e6b43]
- ~/.cache, ~/.jupyter, ~/.local ができているので消す． - ~/.cache, ~/.jupyter, ~/.local ができているので消す．
 +#br
 +*** Programing [#uef8ed38]
 +**** docker [#g330446b]
 +- https://docker-py.readthedocs.io/en/stab​le/api.html
 +#br
 +- APIClient 呼び出しメソッド順
 +-- inspect_image
 +-- inspect_container
 +-- inspect_image
 +-- start
 +-- port
 +#br
 +
 +**** podman [#u96870cc]
#br #br
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