Network System Laboratory - Jupyter

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Table of contents

Jupyter

python で書かれた Webアプリケーションによる教育・開発用環境
see also : JupyterHub (マルチユーザ用 Jupiter サーバ)
see also : Python

Jupyter Notebook

クライアント・サーバモデルであるが，基本的に個人（シングルユーザ）用

With Anaconda

Python（pip）環境で入れる方法と Anaconda 環境で入れる方法がある．
色々調べると Anaconda の方が使い易い様子．というか，Anaconda には最初からデフォルトで Jupyter Notebook が入っている！

(base) jupyter notebook --allow-root --ip=0.0.0.0
(base) jupyter lab --allow-root --ip=0.0.0.0
その後，「データサインティスト以外は Anaconda は使用しばい方が良い」との記事を見つける．
- Anacondaでは足りないパッケージがあって，結局 pip でそれらを追加していくと，どこかで環境が破壊される可能性があるみたい．

Install

anaconda

anaconda を入れる
anaconda 環境で conda を使ってインストールする
```
(base) # conda install -c conda-forge notebook
```

C/C++ サポート

(base) # conda install -c conda-forge xeus-cling
(base) # pip install jupyter_c_kernel
(base) # install_c_kernel --sys-prefix
(base) # jupyter kernelspec list

xeus-cling は anaconda 環境 (conda init) でないとインストールできないかも
install_c_kernel で --sys-prefix を付けないと，C用のカーネルがユーザ環境に入る．削除する場合は jupyter kernelspec remove c

pip を使用する．

yum install nodejs
yum install python3-pip
pip install numpy scipy matplotlib seaborn scikit-learn pandas psycopg2 ipython-sql pymysql
pip install jupyter
pip install notebook
pip install jupyterlab
jupyter notebook --version
jupyter lab --versopn

設定

以下のコマンドで設定ファイル ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py が生成される

(base) # jupyter notebook --generate-config

リモートマシンからの接続を許可するには c.NotebookApp.ip = '0.0.0.0' とする．

実行

(base) # jupyter notebook --allow-root  --ip=0.0.0.0

port: 8888

サブコマンド

jupyter [subcommand] を実行することと，jupyter-[subcommand] を実行することは同じ．

$ \ls jupyter-*
jupyter-bundlerextension     jupyter-kernel        jupyter-labhub       jupyter-nbextensions_configurator  jupyter-serverextension
jupyter-contrib              jupyter-kernelspec    jupyter-migrate      jupyter-notebook                   jupyter-troubleshoot
jupyter-contrib-nbextension  jupyter-lab           jupyter-nbconvert    jupyter-run                        jupyter-trust
jupyter-extension            jupyter-labextension  jupyter-nbextension  jupyter-server

JupyterLab

設定

Jupyter Notebookの後継. WebアプリケーションによるIDE
jupyterhub_config.py で c.Spawner.default_url = '/lab' とする

Install

(base) # conda install -c conda-forge jupyterlab -y

アクセス中にクラシックノートブックにアクセスするには /user/{username}/tree にアクセス
- /lab に戻るには /user/{username}/lab にアクセス

Command

Update

conda update -c conda-forge jupyterlab

jupyter labextension update --all
- Node.js（nodejs >=12.0.0）が必要

Version

jupyter lab --version

拡張機能

https://www.hinomaruc.com/jupyter-notebook-five-extensions-recommendation/

nbextensions

jupyter nbextension list

nbextensions_configurator

ブラウザのタブ上で nbextensions の切り替えができる．
--user オプションを付けると個人環境にインストールされる

(jupyterhub) # pip install jupyter_nbextensions_configurator
(jupyterhub) # jupyter nbextensions_configurator enable --user

contrib-nbextensions

拡張機能
--user オプションを付けると個人環境にインストールされる

(jupyterhub) # pip install jupyter-contrib-nbextensions
(jupyterhub) # jupyter contrib nbextension install --user

JupyterHub でのコンテナ設定

Dockerfile

RUN  /opt/conda/bin/conda install -c conda-forge jupyter_contrib_nbextensions -y
RUN  /opt/conda/bin/conda install -c conda-forge jupyter_nbextensions_configurator -y
RUN  /opt/conda/bin/jupyter nbextension install --sys-prefix --py jupyter_nbextensions_configurator --overwrite
RUN  /opt/conda/bin/jupyter nbextension enable  --sys-prefix --py jupyter_nbextensions_configurator
RUN  /opt/conda/bin/jupyter serverextension enable --sys-prefix --py jupyter_nbextensions_configurator