Network System Laboratory - Backup source of Jupyter(No. 16)

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* Jupyter [#ud5a4e75]
- python で書かれた Webアプリケーションによる教育・開発用環境
- see also : [[JupyterHub]] (マルチユーザ用 Jupiter サーバ)
- see also : [[Python]]
#br

** Jupyter Notebook [#d5ab1922]
- クライアント・サーバモデルであるが，基本的に個人（シングルユーザ）用
#br

*** With Anaconda [#wf6eba52]
- Python（pip） 環境で入れる方法と [[Anaconda]] 環境で入れる方法がある．
- 色々調べると [[Anaconda]] の方が使い易い様子．というか，Anaconda には最初からデフォルトで Jupyter Notebook が入っている！

- (base) jupyter notebook --allow-root
- (base) jupyter lab --allow-root
#br

*** Install [#nb5b4afb]
- anaconda を入れる
- anaconda 環境で conda を使ってインストールする
 (base) # conda install -c conda-forge notebook
#br

**** C/C++ サポート [#o92991fb]
 (base) # conda install -c conda-forge xeus-cling
 (base) # pip install jupyter-c-kernel
 (base) # install_c_kernel --sys-prefix
 (base) # jupyter kernelspec list
- ''xeus-cling'' は anaconda 環境 (conda init) でないとインストールできないかも
- install_c_kernel で --sys-prefix を付けないと，C用のカーネルがユーザ環境に入る．削除する場合は ''jupyter kernelspec remove c''
#br

*** 設定 [#m0eb2396]
以下のコマンドで設定ファイル ''~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py'' が生成される
 (base) # jupyter notebook --generate-config
- リモートマシンからの接続を許可するには ''c.NotebookApp.ip = '0.0.0.0' ''とする．
#br

*** 実行 [#rf0092bb]
 (base) # jupyter notebook --allow-root
- port: 8888
#br

*** サブコマンド [#gaf0dfa1]
- jupyter [subcommand] を実行することと，jupyter-[subcommand] を実行することは同じ．
 $ \ls jupyter-*
 jupyter-bundlerextension     jupyter-kernel        jupyter-labhub       jupyter-nbextensions_configurator  jupyter-serverextension
 jupyter-contrib              jupyter-kernelspec    jupyter-migrate      jupyter-notebook                   jupyter-troubleshoot
 jupyter-contrib-nbextension  jupyter-lab           jupyter-nbconvert    jupyter-run                        jupyter-trust
 jupyter-extension            jupyter-labextension  jupyter-nbextension  jupyter-server

** JupyterLab [#b387f244]
*** 設定 [#n53dd1dd]
- Jupyter Notebookの後継. WebアプリケーションによるIDE
- ''jupyterhub_config.py'' で ''c.Spawner.default_url = '/lab''' とする

- Install
 (base) # conda install -c conda-forge jupyterlab -y
- アクセス中にクラシックノートブックにアクセスするには ''/user/{username}/tree'' にアクセス
-- /lab に戻るには ''/user/{username}/lab'' にアクセス
#br
*** Command [#ucb0d3d2]
**** Update [#gaa53fb8]
- conda update -c conda-forge jupyterlab

- jupyter labextension update --all
-- Node.js（nodejs >=12.0.0）が必要
#br

**** Version [#p44ac111]
- jupyter lab --version
#br

** 拡張機能 [#gc7026e3]
*** nbextensions [#y4176ad9]
- jupyter nbextension list
#br

**** nbextensions_configurator [#l00f0361]
- ブラウザのタブ上で nbextensions の切り替えができる．
-  --user オプションを付けると個人環境にインストールされる

 (jupyterhub) # pip install jupyter_nbextensions_configurator
 (jupyterhub) # jupyter nbextensions_configurator enable --user
#br

**** contrib-nbextensions [#ob2b83de]
- 拡張機能
-  --user オプションを付けると個人環境にインストールされる

 (jupyterhub) # pip install jupyter-contrib-nbextensions
 (jupyterhub) # jupyter contrib nbextension install --user
#br

**** nbgrader [#s1bead70]
- https://github.com/jupyter/nbgrader
- Lab では動かんようだ．
#br

*** labextensions [#sb566b8b]
- jupyter labextension list
#br

** Trouble Shooting [#rf83821d]
**** [[Docker]]: docker commit すると，起動時のオプション（arguments）まで保存する． [#v7d65576]
- 次回起動すると，オプションが ２重になる．なんてこったい！ docker build では大丈夫（そもそも起動していない）
- 起動時のオプションは，イメージ（/var/lib/docker/image/overlay2/imagedb/....）に Cmd[ ] に値として保存されている．
- イメージファイルはテキスト（!?）なので，Cmd[ ] に何が書いてあるかわかる．
-- "Cmd":["start-notebook.sh","--ip=0.0.0.0","--port=8888","--notebook-dir=/home/teacher/iseki/jupyter","--SingleUserNotebookApp.default_url=/lab"]
--- しっかりコマンドが入っている．
-- 流石に直接編集するのは躊躇われる．（一回やってみる？）
--- エディタで直接編集したら，Docker から見えなくなった．まあ予想通り．

- ちゃんと動くやつの Cmd[ ] を確認して，docker commit 起動時に -C オプションで変更可!
-- jupyter の場合：'' docker commit -c 'CMD ["start-notebook.sh"]' jupyter_old jupyter_new''
--- /etc/passwd と /etc/group も元に戻しておく
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